在亚历山大时期的希腊人中间首次得到发展的、对于自然进行精确研究的方法，到了4世纪时已经完全丧失了。基督教徒无情地关闭了亚历山大里亚的异教科学中心，著名的亚历山大里亚图书馆被阿非罗主教烧毁，亚历山大里亚城的修道士还杀死了当时著名的女学者、哲学和数学教员伊芭绮亚。在查士丁尼当政时期，科学和异教也受到无情的打击，许多不肯接受基督教的异教思想家、语法学家和诡辩家被投入监狱。雅典学院也于529年被查士丁尼关闭。这个学校的最后一批教员被解职、放逐，但这些人却得到了波斯王室的庇护。

基督教会至尊地位的确立，使拜占庭的教会文学在4世纪以后开始兴起，涌现了古典教父文学的许多杰出代表。他们在作品中宣传来世和灵魂的水生，宣传神迹，为东方教父文学的发展奠定了基础。同时，他们还依照基督教的观点重新审定和估价从古代世界留传下来的文化遗产，包括哲学、历史和自然科学等。修道院文学也在5世纪至6世纪有了较快的发展，出现了相当一批描写修道士生活和圣徒生活的作品。人们津津乐道地描写修道士的苦行生活，写出了许多寓言和神迹故事。此时还出现了宗教赞美诗这一新的文学形式。

但是，拜占庭毕竟承袭着古典世界沉重的遗产，传统的世俗文学仍然是这个帝国文化生活的重要方面。在拜占庭繁华的、居民众多的工商业城市中，世俗文化的发展一直保持着旺盛的生命力。在许多城市中都有世俗的学校，古典希腊的语言学、修辞学、释义学等，仍然保持着其学科的独立性。直到6世纪初，阿那斯塔修斯皇帝统治时期，在拜占庭东方还可以找到地中海世界最杰出的拉丁语法学家和最权威的拉丁语法著作。6世纪初的编纂家约翰·斯托贝依司克编的诗文选集，选了500名古代诗人、历史学家、演说家、哲学家的作品，为后人保存了古代文明的精华。

在哲学方面，古典哲学的最后一位较有独立性的思想家是新柏拉图主义者普洛克尔（412~485年），他的活动遍及一切知识领域。他批判地运用新柏拉图主义哲学和基督教神学思想研究和解释亚里士多德，为亚里士多德的许多哲学著作做了注释。但由于他将亚里士多德的所谓“第一因”解释为上帝，强调基督只有惟一神性，而被基督教会所不容，将他斥为“一性论”异端。但他著的两篇关于拉丁语法的论文却在中世纪欧洲得到了广泛流传。

5世纪至6世纪的世俗诗歌创作也显示出过渡时期的特点，人们在诗作中叙述古代的神话与传说；也模仿古希腊诗人阿那克瑞翁（Anacreon）和萨福（Sappho）的风格，以简短美丽的六脚韵体短诗，歌颂爱情、酒及人间愉快的生活；还有相当一部分内容歌颂《圣经·新约》中的人物和圣徒。此外，查土丁尼所修筑的圣索菲亚大教堂和希拉克略时期远征波斯的事迹，也是诗人们进行创作的生动题材。

历史编纂学是拜占庭世俗文学创作的重要领地。世俗历史学家们以一种深厚的古典传统偏见看待历史，只重视其文学价值，而不重视其科学的严格性和准确性。在内容和资料的选择上，多侧重于政治史的描述，而不注意社会史、经济史方面的事件。从事历史编纂活动的往往是政府上层的官吏、僧侣和文书。他们一般只关注自己曾经亲眼目睹和亲身经历的事件，至多能追述自己生前不久的事件，其作品时间跨度很小。在写作技巧上，则极力模仿古典学者的写作风格和语言习惯，以便于宫廷人士、高级僧侣和官员们阅读。他们的世界观也很陈旧，追随古典时期的历史编纂学家们，只求以假乱真，不重视揭示现实生活中的变化。这种传统几乎成为整个拜占庭时期治史的模式，从而形成拜占庭文化保守、不求进取的特点。

早期拜占庭时期的编年史家与历史学家不同，他们的著作是面向下层群众的，因此通常使用通俗易懂的民间方言口语写作。这些编年史作者多是下层修道士，他们的目的是以《圣经》的观点来观察全世界的历史，无意于探求历史现象的因果关系，只是朴素地列举一些寻常人关注的事件，如物价高涨、疫病流行、替星出现、各种异象出现、地震发生等。编纂这类著作的第一个代表人物是希腊化的叙利亚人马拉勒斯。他编纂的《全世界编年纪》，一直记到查土丁尼当政的末年。这部编年纪很适合修道士的水平和需要，对尔后那些拜占庭的、东方的及斯拉夫的编年纪有着很大的影响。

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